Master BIP –  M2 “Sciences du Végétal”  

Itinéraire Recherche

Présentation générale du M2 Sciences du Végétal- itinéraire Recherche

L’itinéraire “Recherche” apporte aux étudiants une vision intégrée et complète du  fonctionnement et du développement des végétaux, en interaction avec leur environnement et les autres organismes. Les enseignements sont multi-échelles (des spécificités génomiques à l’organisme entier en passant par les cellules) et multi-disciplinaires (de la génétique/épigénétique à la physiologie métabolique). Les connaissances et approches modernes de  génomique végétale, sélection variétale et les interactions entre plantes et microorganismes sont aussi étudiées en détail.

De nombreux enseignements par projet ou pratiques ainsi que le stage de 6 mois permettent aux étudiants de développer une démarche scientifique solide et de maîtriser les approches et méthodologies de pointes, indispensables pour comprendre le fonctionnement complexe des végétaux  et développer des projets innovants, en lien avec les défis sociétaux liés aux productions végétales (alimentation, environnement, agriculture durable, énergie, santé).

5 autres bonnes raisons de choisir ce M2
  • une très bonne insertion en doctorat (plus de 80% des étudiants, les 20% restant préférant s’orienter vers des emplois d’ingénieur; nombreux financements de thèse via l’Ecole doctorale Sciences du Végétal, entre autre.
  • un environnement scientifique d’excellence :                                                                    – un soutien de l’Idex  Université Sorbonne Paris Cité et de l’Ecole Universitaire de RechercheSciences des Plantes de Paris Saclay (EUR-SPS) .                                            – un vaste réseau de laboratoires partenaires en région parisienne (5 instituts , 60 équipes ) et ailleurs,                                                                                                                       – des équipes pédagogiques diversifiées et spécialisées dans chaque discipline,         – des enseignements adossés aux Instituts de recherche et aux plate-formes  technologiques associées,                                                                                                            – des équipements de pointe,
  • des possibilités de bourses d’études ou de mobilité pour les stages à l’étranger   (Pour plus d’informations : voir le livret du M2 à télécharger et contacter l’enseignant responsable : C. Lelandais-Brière  )rf.t1574285724oredi1574285724d-sir1574285724ap-vi1574285724nu@si1574285724adnal1574285724el.en1574285724itsir1574285724hc1574285724.
  • une formation ouverte à l’international : enseignements dispensés en anglais (dès lors que la promotion contient un étudiant non francophone), exposés et rapports en anglais,
  • le suivi personnalisé des étudiants : tuteurat individuel par un enseignant, oral de pré-stage, bilans individuels.

 

Responsabilités et Contacts

                                       

Responsables pédagogiques de l’itinéraire recherche-Sciences du Végétal :

Christine LELANDAIS-BRIERE  (responsable du parcours)

rf.to1574285724redid1574285724-sira1574285724p-vin1574285724u@sia1574285724dnale1574285724l.eni1574285724tsirh1574285724c1574285724

Sophie FILLEUR (co-référente du M2 Recherche) :

rf.ya1574285724lcas-1574285724sirap1574285724.cb2i1574285724@ruel1574285724lif.e1574285724ihpos1574285724

Responsable Administration/Scolarité  : 

Anicette ANON  anicrf.to1574285724redid1574285724-sira1574285724p-vin1574285724u@non1574285724a.ett1574285724e1574285724

UFR Sciences du vivant, Bâtiment Lamarck, 35 rue Hélène Brion, bureau RH42, RdC Haut; 75205 Paris cedex 13 ;

tel : +33 (1) 57 27 82 35

 

Responsable Formation continue :

Françoise PEUVION-CHALAUX rf.to1574285724redid1574285724-sira1574285724p-vin1574285724u@vds1574285724cf1574285724

UFR Sciences du vivant, Bâtiment Lamarck, 35 rue Hélène Brion, bureau RH54, RdC Haut; 75205 Paris cedex 13 ;

tel : +33 (1) 57 27 82 34

 

Etablissement partenaire : Université Paris Saclay

Responsables pédagogiques :

Marie DUFRESNE (U. Paris Sud, établissement porteur de la formation pour Paris Saclay),

Alia DELLAGI (AgroParisTech)

Bénédicte STURBOIS (U. Evry Val d’Esonne)

Candidater au M2 SV - recherche

Qui ?

Etudiants ayant validé un diplôme de Master 1  en Biologie Intégrative et Physiologie/ Biologie Végétale/ Biologie-santé/ Génétique ou Biologie moléculaire et cellulaire (ou équivalent), Etudiants de seconde année ou diplômés d’école d’ingénieurs en Agronomie (spécialités amélioration et/ou protection des plantes ), Professionnels sur validation des acquis.  

Pré-requis : Très bon niveau  de M1 en Physiologie végétale, Génétique, Génomique, Biologie cellulaire et moléculaire;  projet professionnel en adéquation avec la formation;  bases solides en biostatistiques, bio-informatique et en anglais; stage d’au moins 2 mois (L3 ou M1).

Quand ?  du 15 Mars au 30 Juin 2019

Comment ?

1- Pour les candidats détenteur d’un diplôme de M1 européen ou hors procédure “Etudes en France”

Candidater en ligne via l’application e-candidat de l’Université Paris Diderot, UFR des Sciences du Vivant- master BIP-parcours M2 SV

Dossier

Documents obligatoires :

– 1 lettre de motivation (spécifiant bien le projet professionnel et l’itinéraire souhaité),    

– 1 curriculum vitae                                                                                                                          

– le diplôme de baccalauréat                                                                                                          

– le dossier académique :  TOUS les relevés de notes des formations suivies post-bac      

Documents facultatifs : formulaire de candidature complété, une ou deux lettres de recommandation (maximum)

 

2- Pour les candidats résidant dans un pays relevant de la procédure “Etudes en France” :

dossier spécifique d’inscription via la plateforme dédiée sur le site de Campus France  campusfrance-procedure-cef  

Note importante: Les enseignements étant dispensés essentiellement en langue anglaise dans le parcours Recherche, les candidats doivent pouvoir justifier d’un niveau d’Anglais scientifique écrit et parlé correct (au moins équivalent au niveau B2 défini par le Cadre Européen Commun de Référence pour les langues- CECR).

 

Procédure de recrutement : Les candidats  pré-sélectionnés sur dossier seront convoqués à un entretien de motivation fin juin 2019, à l’issue duquel leur candidature sera acceptée ou non.

Les enseignements

* Semestre 1 : six UE obligatoires  :  Génomique et amélioration des plantes, Physiologie métabolique, Pathogénie-symbiose, Mécanismes de signalisation chez les plantes,   biologie cellulaire, épigénétique

* Semestre 2 : un stage obligatoire de 6 mois en laboratoire (Janvier à Juin)

Génomique et Amélioration des plantes

(commun avec itinéraire Pro)

Thèmes : Outils modernes de la génomique et biotechnologies appliquées à l’amélioration des plantes. Evolution de la structure des génomes en association avec la domestication et sous pression de sélection exercée par l’homme. Démarches de génétique directe et reverse dans des espèces agronomiques et modèles, Notions de génétique quantitative et de sélection génomique en amélioration variétale. Importance de la maîtrise de la reproduction sexuée et de la qualité des semences dans les programmes de sélection variétale (cours/séminaires/visite de site: 36h, TD: 11h, TP: NGS et analyse des données, 12h).

Compétences visées: Intégrer les connaissances et approches de génomique et génétique végétale pour l’amélioration des plantes. Maîtriser conceptuellement et techniquement les nouveaux outils de génomique comme le séquençage à haut débit et  l’analyse des données associées.

Evaluation (7,5 ECTS) : contrôle continu (40%) et examen (60%)

Physiologie métabolique végétale

Présentation   (cours/séminaires : 24h, TD : 12h, TP: 14h)

L’unité d’enseignement, d’une durée de 2 semaines, vise à approfondir les connaissances des étudiants concernant certaines voies métaboliques primaires et secondaires, les mécanismes de régulation redox et l’importance du statut nutritionnel sur la physiologie des plantes. Les approches haut débit permettant l’étude de la physiologie et du métabolisme des plantes (en particulier métabolomique, protéomique et phospho-protéomique) et leurs outils d’analyse seront étudiées en TD et en TP. Des jeux de données haut débit générés par des équipes de recherche  seront analysés (cours/séminaires : 24h, TD : 14h, TP: 12h).

Compétences visées :

  • Mobiliser ses connaissances fondamentales et maitriser les approches haut débit permettant l’étude de la physiologie et du métabolisme des plantes.
  • Intégrer des données complexes à différentes échelles pour la compréhension d’un mécanisme physiologique et la réponse des plantes à un stress.
  • Analyser et présenter des résultats expérimentaux sous forme d’un compte-rendu écrit.

Evaluation (5 ECTS) : contrôle continu (30%)  et examen (70%)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Pathogénie-Symbiose

Présentation (2 semaines; cours/séminaires interactifs : 12h, TD : 18h).

Les objectifs de cette UE sont  1) de montrer aux étudiants comment des approches de recherches pluridisciplinaires et intégratives permettent d’élucider les mécanismes moléculaires mis en place par les microorganismes (pathogènes ou symbiotes) lors de leurs interactions avec les plantes. 2) d’illustrer, au travers de quelques exemples, les stratégies et mécanismes d’adaptation et d’évolution des complexes hôtes-microorganismes, à différentes échelles, du gène à la population microbienne.

Thémes : Pathogénie, symbiose et processus épidémiologiques., mais avec des interventions faisant le lien entre chaque thématique.

Compétences visées : Intégrer les connaissances et approches de génomique et génétique végétale pour l’amélioration des plantes. Maîtriser conceptuellement et techniquement les nouveaux outils de génomique comme le séquençage à haut débit et  l’analyse des données associées.

Evaluation (5 ECTS) : contrôle continu (50%) et examen (50%)

Mécanismes de signalisation chez les plantes

Présentation (2 semaines)

L’unité d’enseignement inclut :

  • Un socle commun d’enseignements autour de notions transversales de signalisation cellulaire chez les végétaux (13h).
  • Des interventions courtes de type séminaires sur invitations de collègues français et étrangers spécialistes d’un domaine (10 à 12h)
  • des TD-ateliers (12h)  abordant des exemples de voies de signalisation et illustrant la dualité de ces voies dans des processus liés au développement et aux stress biotiques et abiotiques.

Compétences visées : Appréhender les mécanismes de signalisation cellulaire chez les plantes et comprendre les approches mises en œuvre pour les étudier. Analyser et synthétiser de façon critique les résultats d’une publication scientifique

Evaluation (5 ECTS) : contrôle continu (30%) et examen (70%)

 

Biologie cellulaire: de l'image à la fonction

Présentation :

Cette UE, de type “projet de recherche”, est centrée sur la biologie cellulaire et l’imagerie du végétal, avec un fort accent expérimental. Nous souhaitons mettre les étudiants dans un contexte de recherche où il leur faudra organiser les expériences, produire et analyser de façon critique les produits de différentes techniques d’imagerie/cytologie. L’enseignement s’organise de la façon suivante :

  • une semaine d’atelier/TP à l’IJPB (4 h cours, 6 h TD d’analyse d’images et modélisation, 20 h TP)
  • 4 jours de mini-stage dans un laboratoire /plateforme d’imagerie cellulaire

Compétences visées : Maitriser et choisir de façon autonome les approches de microscopie et d’imagerie cellulaire adaptées à une question biologique. Proposer et mettre en œuvre collectivement une démarche expérimentale pour répondre à une problématique. Recueillir, analyser et présenter des résultats expérimentaux. Contribuer à un projet de recherche en s’intégrant dans une équipe tout en faisant preuve d’autonomie et d’initiative.

Evaluation (5 ECTS) : TP-atelier (50%) et mini-stage  (50%)

Epigénétique végétale

Présentation  (10 jours).

L’unité d’enseignement s’organise sous forme de cours et séminaires de chercheurs (14h) et de TD (6h). Les principaux mécanismes épigénétiques et les modes d’action des ARN non codants seront étudiés, ainsi que leur importance dans la régulation du développement, du métabolisme et des interactions biotiques.  Ces enseignements fondamentaux seront complétés par des TD tuteurés (10h), au cours desquels les étudiants seront initiés aux méthodes d’épigénomique et analyseront des jeux de données issues d’expériences d’immuno-précipitation de la chromatine et de séquençage haut débit de petits ARN interférents

Compétences visées : Comprendre et savoir choisir  les  méthodes appropriées pour l’étude de modifications épigénétiques en lien avec une question biologique. Connaitre les outils d’analyse de données d’épigénomique (ChIP-Seq) et de séquençage de petits ARN non codants. Analyser de façon critique et présenter à l’oral les résultats d’une publication scientifique

Evaluation (2,5 ECTS) : contrôle continu (30%) et examen (70%)

Semestre 2 - STAGE en laboratoire de recherche (6 mois)

Présentation : Le stage, obligatoire, a lieu sur une période de 6 mois (début janvier à fin-Juin) dans un laboratoire de recherche.

Compétences visées : Contribuer à un projet de recherche en s’intégrant dans une équipe tout en faisant preuve d’autonomie et d’initiative ; mettre en œuvre une démarche scientifique pour répondre à une problématique donnée ; recueillir, analyser et synthétiser les informations de la bibliographie ; analyser et présenter à l’oral et à l’écrit des résultats expérimentaux

Evaluation (30 ECTS) : oral de pré-stage (10%), soutenance orale et rapport écrit (90%)

Informations pratiques

Pré-rentrée à Paris Diderot : vendredi 30 Aout 2019

 

Rentrée du M2  : lundi 2 sept 2019

 

Semaine du 2 sept : présentation des stages, remises à niveau

 

Début des enseignements : lundi 9 Sept 2019

 

 

Semestre 1 :

 

cours du 2 sept au 10 déc

 

examens du semestre 1 : du 10 dec au 20 dec

 

 

Semestre 2 :

 stage de recherche (6 mois, janvier à juin 2020)

 

soutenance orale et rapport écrit (vers le 20 Juin)

session 2 du semestre 1: fin juin ou fin aout/début septembre 2020

session 2 du semestre 2 (stage) : fin Aout/début septembre 2020

 

 

 

 

 

 

 

Lieux des enseignements :

 

périodes de 2 ou 3 semaines sur différents sites des établissements partenaires (majorité sur Orsay, bat 630, IPS2)

 

Les principaux instituts de recherche partenaires du master

Les principaux instituts / laboratoires de recherche partenaires de la formation sont :

IPS2 (Orsay)  www.ips2.u-psud.fr/
IJPB (Versailles) www-ijpb.versailles.inra.fr/
I2BC (Gif/Yvette) www.i2bc.paris-saclay.fr/
GQE – Ferme du moulon (Gif/Yvette) moulon.inra.fr/
BIOGER (Grignon) www6.versailles-grignon.inra.fr/bioger
ENS Ulm (Paris) www.ens.fr/
IBPC (Paris) www.ibpc.fr/
IJM (Paris) https://www.ijm.fr/
LIED (Paris) http://www.lied-pieri.univ-paris-diderot.fr/

 et d’autres hors région parisienne…