M1 BIP – SCIENCES DU VEGETAL / PLANT SCIENCES program
Candidater au M1 (25 Février au 24 Mars 2025) : à savoir
>Pré-requis :
Bonnes connaissances de Licence 3 (ou équivalent) en Physiologie végétale, biologie moléculaire, génétique, génomique et biologie cellulaire.
Bases solides de statistiques et d’anglais (niveau B2).
Projet professionnel et parcours en cohérence avec la formation
Comment ? en ligne sur la plateforme nationale MON MASTER . du 24 Février au 25 Mars 2025
Composition du dossier de candidature :
documents demandés par la plateforme + documents spécifique de la formation (cf site Mon master)
Procédure du recrutement :
Suite à l’examen et une pré-sélection des dossiers, un entretien de motivation sera réalisé (en visioconférence à priori).
Notes importantes :
SI vous résidez dans un pays relevant de la procédure “Etudes en France” vous devez faire une demande spécifique d’inscription via la plateforme dédiée sur le site de Campus France avant fin Fevrier : campusfrance-procedure-cef
Les enseignements de M1 étant dispensés essentiellement en langue française, les candidats non-francophones doivent pouvoir justifier d’un niveau de français au movalent au niveau B2 défini par le Cadre Européen Commun de Référence pour les langues (CECR).

Flyer-Master Sciences du Végétal-Université Paris Cité

Plant Science master-Université Paris Cité-flyer
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All about the master: videos from students
PRESENTATION GENERALE DU M1
Le fonctionnement et le développement des végétaux, leurs réponses à l’environnement ou encore leurs interactions avec d’autres organismes vous passionnent ? Vous souhaiteriez travailler dans le domaine de la recherche fondamentale ou appliquée, mais pourquoi pas aussi dans d’autres secteurs de l’entreprise (homologation des produits, marketing) ? Alors le parcours Sciences du Végétal du master BIP est fait pour vous !
Ce parcours forme des scientifiques spécialisés en biologie intégrative / physiologie végétale, conscients des enjeux sociétaux liés aux productions végétales (alimentation, environnement/climat, énergie, santé). Les enseignements, autant théoriques que pratiques (projets, ateliers, TP, stage obligatoire en M1 et M2) permettent d’acquérir une vision large du fonctionnement des végétaux, ainsi que la maitrise des approches multi-échelles modernes, qui permettent de l’appréhender (de la génomique/génétique à la physiologie métabolique).
A l’équilibre entre recherche fondamentale et appliquée, une grande partie de la formation de M1 puis du M2 est consacrée aux plantes cultivées (sélection variétale, semences, interactions avec des microorganismes, agronomie durable et respectueuse de l’environnement, bio-ingénieries).
La formation de M1 débouche naturellement sur le M2 “Sciences du Végétal”, qui est aussi mutualisé avec l’Université Paris Saclay et qui propose un itinéraire RECHERCHE (en anglais) et un itinéraire PRO (voir les pages du M2 SV). A la suite du M2, le diplôme offre d’excellents débouchés professionnels en doctorat ou comme cadre en entreprise (ingénieur, chargé de projet), en recherche mais aussi en marketing, veille scientifique ou homologation des produits.
Le master repose sur un environnement scientifique de renommée internationale dans le domaine des Sciences du Végétal, grâce aux laboratoires associés à l’Université Paris Cité (IPS2, LIED, IBPC, IEES, notamment) et au partenariat avec l’université Paris-Saclay (IJPB, IDEEV, I2BC, BIOGER), Elle dispose de plus des soutiens de l’IDEX Université Paris Cité et de l’Ecole Universitaire de Recherche-SPS qui offrent des possibilités de bourses de vie (8000 euros en M1, 6000 en M2), d’aide à la mobilité pour les stages et d’initiatives étudiantes et enseignantes.
Nous entretenons enfin des partenariats privilégiées avec des universités internationales qui permettent la réalisation de projets communs et facilitent la mobilité internationale des étudiants (Allemagne, Autriche*, Belgique*, Danemark*, Espagne entre autre…). *: universités partenaires de l’Université Paris Cté au sein des universités européennes CircleU et THE GUILDE.
La formation est ouverte à la formation continue.
BOURSES DE MASTER (studies grant) : informations
– Les étudiants ayant candidaté au M1 BIP parcours Sciences du Végétal sur MONMASTER ou sur CAMPUSFRANCE ont la possibilité de postuler pour:
– une bourse de vie (8000 euros/an en M1), ceci indépendamment de leur université d’origine et cumulable avec une bourse CROUS. Les critères d’attribution de ces bourses reposent sur la qualité du dossier universitaire et du projet professionnel.
– une bourse de mobilité sortante (pour un stage à l’étranger) ou entrante (pour les étudiants internationaux)
Dans TOUS LES CAS, merci de contacter par mail les responsables du parcours (A. Diet et S. Filleur) AVANT DE faire votre demande de bourse.
Before any application for a grant, please contact the master supervisors (Anouck Diet and Sophie Filleur), by mail.
Sophie Filleur :
WELCOME TO INTERNATIONAL STUDENTS (please read HERE)
Welcome in Paris and thank you for your interest !
EU students have to apply to the M1 through the national “MONMASTER” platform (from February 24th to March 25th 2025.
Non-UE students have to candidate through the “CAMPUS FRANCE” procedure from October 1srt 2024 to February 28th 2025 (for the 2025-2026 year)
You have to be aware that the M2 “Plant Sciences reearch program is 100% taught in english but in M1, most M1 courses (60%) are in french (with supports in english)
You can apply to different calls for MASTER MOBILITY GRANTS.
Before any application (to the master program and to related grants), please contact the master supervisors (Anouck Diet and Sophie Filleur, by mail) as soon as possible.
L'organisation du M1
– un tronc commun du master avec des enseignements fondamentaux (biologie intégrative, physiologie des systèmes), méthodologiques (biologie moléculaire, bio-statistiques, bio-informatique) et de l’anglais scientifique.
– des UE spécifiques du parcours SV, mutualisées avec l’Université Paris Saclay :
* 3 UE généralistes (Expression et organisation des génomes, Biodiversité et génétique, Projet de recherche)
* 7 UE dédiées aux plantes, dont, quatre à choix ce qui permet aux étudiants de se créer un parcours “à la carte”.
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D'autres atouts de la formation
- un suivi personnalisé des étudiants : un référent enseignant par étudiant, oraux de pré-stages, bilans individuels.
- une pratique régulière de l’anglais scientifique, essentielle aussi bien dans le monde de la recherche que dans les emplois de cadres : enseignement d’anglais (3 ECTS), plusieurs UE à choix en anglais, nombreux rapports et soutenances. En cas de présence d’étudiants non francophones, l’ensemble des supports seront en anglais. Possibilité de réaliser le stage à l’étranger.
- une ouverture vers le monde de l’entreprise : UE de “Formation à l’entreprise innovante”, visites de sites et interventions de professionnels, possibilité de réaliser le stage en entreprise,
- un large réseau de laboratoires et d’entreprises partenaires,
- un stage obligatoire de deux mois minimum en laboratoire ou en entreprise (possibilité à l’étranger avec des offres privilégiées chez des universités européennes partenaires)
Responsables et contacts
Université Paris Paris Cité)
Responsables pédagogiques du parcours SV (M1 et M2) :
Sophie FILLEUR
Responsable administrative/scolarité :
UFR Sciences du vivant, Bâtiment Lamarck, 35 rue Hélène Brion, bureau RH42, RdC Haut; 75205 Paris cedex 13 ;
tel : +33 (1) 57 27 82 35
Responsable Formation continue :
UFR Sciences du vivant, Bâtiment Lamarck, 35 rue Hélène Brion, bureau RH54, RdC Haut; 75205 Paris cedex 13 ;
tel : +33 (1) 57 27 82 34
Etablissement partenaire : Université Paris Saclay
Responsables pédagogiques :
Karine Alix (AgroParisTech), Marie Garmier (U. Paris Saclay), Bénédicte Sturbois (U. Evry Val d’Essonne)
Calendrier de l'année
Pré-rentrée du M1 BIP : première semaine de Septembre (date à confirmer) – tests d’anglais, révisions (BM, génétique, génomique, présence obligatoire)
Début des enseignements du tronc commun: 2eme semaine de Septembre 2025 (à confirmer)
Semestre 1
cours : de sept 2025 à mi-janvier 2026 : (tronc commun de 8 semaines puis 3 UE du parcours SV, (2 semaines chacune)
examens de session 1 du TC : mi-Novembre
Semestre 2
cours : de mi-janvier à mi-avril 2026
examens de session 1 : généralement à la fin des UE
stage : de mi-Avril à mi-Juin, rapport écrit et soutenance orale en anglais
Lieux des enseignements :
tronc commun à l’Université Paris Cité (site des Grands Moulins ou St Germain)
parcours SV : UE par périodes de 2 semaines sur l’Université de Paris Cité ou de Paris Saclay (Plateau de Saclay)
Les enseignements du parcours M1 – SV

Les UE du tronc commun
semestre 1
S1- Biologie Intégrative
Thèmes : Les réponses aux stress chez les organismes complexes seront abordés dans cette UE :en mettant l’accent sur les aspects cellulaires et moléculaires et leur intégration au niveau de l’organisme animal ou végétal (stress thermiques, stress génotoxiques, stress nutritionnels).
Objectifs : décrire, comprendre la relation génotype / fonction
Compétences visées : communiquer des données scientifiques sous forme d’un poster
Evaluation (3 ECTS) : Poster + Examen
S1- Méthodes d'Analyse en Biologie
1- Bioinformatique : outils pour biologistes (3 ECTS)
2- Biostatistiques (2 ECTS) :
3- Biologie moléculaire (1 ECTS)
1- Bioinformatique : outils pour biologistes (9h CM et 18h TP)
- Shell
- Analyse et comparaison de séquences biologiques
- Graphisme moléculaire
- Modélisation par homologie
- Réseaux d’interaction
- Initiation à la programmation R pour l’analyse de données
- Voies métaboliques
Compétences visées : Choisir et maîtriser les outils adaptés à l’analyse des données expérimentales complexes (bio-analyses)
2- Biostatistiques (2 ECTS) :
Cours (12h) portant sur les différentes méthodes d’analyses statistiques de données, l’assimilation du vocabulaire utilisé et le choix de procédures statistiques selon la problématique d’étude.
La mise en pratique de ces cours se fera sous forme de travaux pratiques (12h) en salle informatique à l’aide d’un logiciel statistique de traitement des données.
3- Biologie moléculaire (1 ECTS) :
Enseignement en classe inversé. 3 séries de cours seront à consulter en ligne qui seront repris et mis en pratique au cours de 3 séances de TD
S1- Anglais
Développement des quatre compétences : expression orale, expression écrite, compréhension orale et écrite, dans le contexte scientifique et à travers l’étude de documents authentiques.
Compétences visées : Rédiger et présenter des concepts scientifiques à un public non spécialiste., Acquisition du niveau CECR B2
Evaluation (3 ECTS) : Contrôle continu intégral
semestre 2
S2 - Physiologie des Systèmes
Cette UE est destinée à présenter aux étudiants les concepts de la physiologie des systèmes, Cette discipline permet d’appréhender et de modéliser des processus physiologiques en prenant en compte leur complexité, leur régulation par l’environnement et la communication entre organes. L’importance du microbiote ou encore des rythmes biologiques sur différents processus physiologiques sera notamment illustrée chez les animaux et les végétaux.
Compétences visées: Intégrer et synthétiser des données scientifiques, argumenter pour défendre une hypothèse.
Evaluation (3 ECTS) : (rédaction d’un mini-projet et atelier thématique)
S2- Stage (2 mois minimum)
- 1 stage obligatoire de 2 mois
- pouvant être prolongé durant la période estivale
Les stages peuvent être réalisés en laboratoire ou en entreprise, en France ou à l’étranger
Les UE spécifiques du parcours ‘Sciences du Végétal’
semestre 1
S1- Expression et organisation des génomes
Thèmes : Organisation et dynamique des génomes procaryotes et eucaryotes. Principaux mécanismes impliqués dans l’évolution structurale des génomes. Relations entre structure des génomes et expression des gènes
Compétences visées : Savoir choisir l’approche de génomique appropriée pour une question biologique; décrire et analyser des résultats expérimentaux
Evaluation: 3 ECTS (examen)
S1- Biodiversité et génétique
Thèmes:
La notion de biodiversité sera introduite d’un point de vue conceptuel (historique, éthique) puis, d’un point de vue appliqué en distinguant ses composantes (naturelles, cultivées, in situ, ex situ…). Les étudiants apprendront à utiliser les outils, notamment génétiques, nécessaires à sa quantification, les domaines et les échelles auxquels cette notion s’applique et dans quelle mesure l’homme peut l’impacter. Ces concepts seront abordés dans un contexte dynamique et reposeront en majorité sur des notions de biologie évolutive ( cours magistraux et TD) .
Compétences visées: Intégrer les connaissances et les méthodologies, en particulier génétiques, permettant d’appréhender la notion de biodiversité.
Evaluation : 3 ECTS (examen)
S1- Atelier de Biologie intégrative Végétale
Thèmes: L’étude des végétaux et la compréhension de leur fonctionnement requiert la mise en oeuvre d’approches multi-échelles et l’intégration de données de plus en plus complexes. Au cours de cette UE, les étudiants devront sous forme d’ateliers: 1) analyser un jeu de données expérimentales de transcriptomique, protéomique et métabolomique en lien avec la dormance et la germination des graines, 2) concevoir une expérience permettant de confirmer les résultats des analyses précédentes, 3) dégager une problématique nouvelle et proposer un mini-projet de recherche en lien avec ces résultats.
Compétences visées : Présenter et analyser des données expérimentales complexes (haut débit) à l’aide d’outils statistiques appropriés. Concevoir un plan d’expérience avec devis et échéancier. Proposer un projet de recherche innovant répondant à une question biologique.
Evaluation (4 ECTS, rapport écrit et présentation orale)
S1- UE1 (à choix) : Workshop on plant responses to biotic and abiotic stress OU Formation à l'entreprise innovante
Workshop on plant responses to biotic and abiotic stress (2 semaines) Travaux pratiques : immersion des étudiants dans un thème de recherche et familiarisation avec un ensemble de techniques de base des domaines de la physiologie moléculaire et cellulaire végétale et de la phytopathologie. Compétences visées : Suivre rigoureusement un protocole expérimental ; réaliser en équipe une démarche expérimentale en répartissant les tâches et les responsabilités ; recueillir, analyser et présenter à l’écrit des données expérimentales Evaluation: 4 ECTS, Compte-rendu oral et écrit
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Formation à l’entreprise innovante (2 semaines) Thèmes : Fonctionnement des entreprises, de la start up à la multinationale. Les secteurs de l’entreprise (R & D, RH, marketing, commercial). Bases du fonctionnement de la macroéconomie; innovation incrémentale et innovation de rupture, facteurs objectifs et subjectifs liés à la création d’entreprise. (cours et interventions de professionnels) Compétences visées : Intégrer les connaissances théoriques et les outils pratiques dans les principaux domaines liés au management de l’entreprise. Etre conscient de la complexité de l’environnement socio-économique de l’entreprise. Evaluation : 4 ECTS, Examen
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S1- UE2 (à choix) : Biotechnologies / Plantes-Insectes OU Physiologie intégrative végétale
Physiologie intégrative végétale (2 semaines) Thèmes (Cours et TD, 30h) : Mécanismes permettant aux plantes de gérer les contraintes environnementales et en particulier la forte lumière, les métaux lourds, les herbicides. Mécanismes de détoxication. Grandes voies du métabolisme secondaire. TP (20h) : Initiation aux principes de la génomique fonctionnelle à partir de mutants d’Arabidopsis affectés dans leurs réponses au stress oxydatif. Compétences visées : Analyser et intégrer les différents niveaux d’informations d’un organisme pour appréhender son fonctionnement en interaction avec l’environnement et en réponse à des stress. Analyser et présenter à l’oral des résultats d’une étude scientifique. Comprendre les approches de génomique fonctionnelle. Maitriser des techniques de base de biologie moléculaire et biochimie. Evaluation (4 ECTS) : Contrôe continu (analyse d’article) examen |
Biotechnologies (1 semaine) Thèmes (cours et TD, 24h): Technologies d’ingénierie végétale et applications en agriculture et en bio-médecine. Techniques d’amélioration des plantes. Compétences visées : Concevoir des stratégies innovantes d’exploitation des ressources biologiques. Connaître les stratégies et les règles d’utilisation des outils biologiques : confinement, biosécurité. Evaluation (2 ECTS) : Examen Plantes et Insectes : sources d’innovation pour une alimentation alternative (1 semaine) Thèmes (cours et TD, 20h) : Panorama des déterminants génétiques, physiologiques, environnementaux afférents à la qualité des sources de protéines végétales ou d’insectes au travers de leurs modes de production. Impacts sur la santé et sur les opportunités de développements. Compétences visées : Etre conscient des enjeux sociétaux et environnementaux liés à l’alimentation humaine et animale Evaluation (2 ECTS) : Examen
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semestre 2
S2- Projet de recherche
8 séances de TD tuteurés : Recherche, analyse et synthèse écrite et orale des informations disponibles dans les bases de données publiques concernant une accession (gène, protéine, métabolite). A partir de ces données, dégager une problématique de recherche innovant et proposer un mini-projet.
Compétences visées : Recueillir, analyser de façon autonome, présenter de façon synthétique des informations issues de banques de données (ressources bibliographiques et biologiques). Concevoir, formaliser et présenter à l’écrit et à l’oral un mini-projet de recherche répondant à une problématique scientifique
Evaluation (3 ECTS) : présentation orale, rapport écrit (en anglais)
S2- Génétique appliquée à la sélection variétale
Thèmes (cours, 24h) : Plans de croisements et cartographie génétique. Mécanismes d’évolution des génomes. Introduction à la génétique quantitative et modalités d’étude des caractères complexes. Génétique des populations (déséquilibre de liaison, dérive génétique et évolution des populations). Stérilité mâle cytoplasmique et déterminisme du sexe chez les végétaux.
TD (9h) et TP (9h) : variabilité génétique, recherche de QTL, analyse de polymorphisme, marquage moléculaire
Compétences visées : Maitriser les bases de génétique quantitative et de génétique des populations afin de les exploiter dans un contexte d’amélioration des plantes. Recueillir et analyser des données quantitatives, mettre en oeuvre une démarche de recherche de QTL ou de marquage moléculaire.
Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu (TP), examen
S2- Génomique et bioinformatique des espèces cultivées
Thèmes (cours 29h, TD 21h) : Spécificités des génomes végétaux (duplications, éléments transposables, multi-génomes…), Approches de génomique structurale et fonctionnelle chez les plantes, Ressources génétiques et génomiques disponibles. Outils bioinformatiques de génomique comparative, recherche de motifs protéiques, étude de relation structure-fonction, étude et annotation du génome des plantes cultivées.
Compétences visées : Maitriser et intégrer les connaissances fondamentales et les méthodologies de la génomique végétale; Comprendre les principes des analyses bioinformatiques et biostatistiques de données de séquençage au débit.
Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu , examen
S2- UE3 (à choix) : How to build a plant OU Biologie des semences
Développement des plantes / “How to build a plant” (2 semaines) Cours (30h) : concepts clés de la Biologie du Développement végétal à l’échelle moléculaire, cellulaire et de l’organisme entier (grandes étapes de la vie de la plante et de sa morphogenèse, réponses aux changements environnementaux, diversités et variations naturelles, aspects d’EVO-DEVO). TD/TP participatifs (en petit groupe, 20h) : analyses et interprétations de données et présentations sous forme d’exposés oraux. Cette UE sera dispensée en anglais Compétences visées : Mobiliser et intégrer ses connaissances pour appréhender le développement des végétaux et ses spécificités. Suivre rigoureusement un protocole – Analyser et rendre compte de résultats expérimentaux ou de ceux d’un article scientifique Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu, examen
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Les semences : de la biologie à la filière (2 semaines) Thèmes : Biologie des semences (développement des graines et des fruits, germination) ; Production, conservation, protection et qualité des semences ; Filière semences et ses enjeux économiques, sociaux et environnementaux
Compétences visées :
Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu, examen
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S2- UE4 (à choix) : Genome engineering and RNA interference OU Physiologie de la nutrition et agronomie
Genome Engineering and RNA interference (2 semaines, en anglais) Thèmes (cours/ séminaires : 16h, TD : 6h, TP: 26h): Mécanismes médiés par les petits ARN non codants; Mécanismes de réparation/recombinaison de l’ADN; Utilisations en recherche fondamentale et appliquée; Bases de biologie de synthèse et méthodes de clonage “haut débit”; bio-ingénierie et d’édition des génomes. TP (26h) : Analyses moléculaire et cellulaires de lignées d’Arabidopsis avec différents type de silencing chez les plantes (expression de gène rapporteur, dosage et détection d’activité ou de fluorescence, étude de la méthylation et des petits ARN- Clonage de construction RNAi) Compétences visées : Maitriser les concepts biologiques à l’origine des biotechnologies présentées. Avoir conscience des champs d’application et des implications bioéthiques des différentes technologies présentées. Suivre rigoureusement un protocole expérimental; Recueillir, analyser et présenter à l’écrit des résultats expérimentaux,; maitriser des techniques de biologie moléculaire et cellulaire classiques et spécifiques des petits ARN non codants. Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu, examen
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Physiologie de la nutrition végétale et agronomie (2 semaines) Thèmes (cours : 20h, TD : 6h, TP: 24h) Nutrition minérale; Photosynthèse et bilan de carbone ; Cycle de l’azote, du carbone et de l’eau à l’échelle de la parcelle, Etude des sols ; Relations entre la fertilisation et le rendement; Modélisation de la croissance et du rendement à la parcelle TP (24h) : Phénotypage et analyses moléculaires et biochimiques de lignées mutantes d’Arabidopsis affectées dans l’assimilation de l’azote; Dosage d’activité enzymatique, western blot, Mesure de chlorophylles, flavonoïdes, anthocyanes ; Analyse de sols Compétences visées : Maitriser les outils permettant d’analyser le fonctionnement d’une plante entière et d’une parcelle. Avoir conscience des enjeux agronomiques en lien avec la nutrition des plantes et de la gestion des itinéraires culturaux dans un souci de production durable. Suivre rigoureusement un protocole expérimental. Présenter et analyser des résultats expérimentaux. Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu, examen
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