M1 BIP- parcours Sciences du Végétal

Présentation générale

La biologie moderne permet d’appréhender le fonctionnement et le développement des organismes, en lien avec leur environnement, de façon intégrée, multi-disciplinaire et multi-échelles (du génome à l’individu).

Le parcours Sciences du Végétal (SV) du M1 BIP forme des scientifiques spécialisés en biologie intégrative / physiologie végétale, conscients de cette évolution et des enjeux sociétaux liés aux productions végétales (environnement, alimentation, énergie, santé). A l’équilibre entre la recherche fondamentale et appliquée, la formation présente aussi les applications au niveau des plantes cultivées, en amélioration des plantes, bio-ingénieries et en agronomie notamment.

Le parcours SV s’organise selon:

– un tronc commun du master BIP avec des enseignements fondamentaux (biologie intégrative, physiologie des systèmes), méthodologiques (biologie moléculaire, bio-statistiques, bio-informatique)  et de l’anglais scientifique.

– des UE spécifiques du parcours SV, mutualisées avec l’Université Paris Saclay :

   * 3 UE transverses (Expression et  organisation des génomes, Biodiversité et  génétique, Projet de recherche)

   * 7 UE dédiées aux plantes. Parmi ces dernières, quatre UE à choix permettent aux étudiants de se créer un parcours “à la carte”.

En plus de l’Idex Sorbonne Paris Cité/Université de Paris, et du fait de son partenariat ancien avec Paris Saclay, le parcours SV est associé à l’Ecole Universitaire de Recherche-SPS. Ces deux structures soutiennent financièrement des enseignements de pointe (en terme de pédagogie, d’équipement, d’environnement scientifique), ouverts sur l’international et offrent des possibilités de bourses de vie (procédure à suivre décrite dans la rubrique “bourse de master-SPS” ci-dessous) ou de mobilité étudiante (se renseigner auprès des responsables du parcours).

Au cours de l’année, de nombreux enseignements  sous forme de projets ou d’ateliers permettent aux étudiants de ‘s’initier aux méthodologies modernes de la biologie intégrative et en particulier aux approches haut débit (omiques), d’en comprendre les champs d’application et la complexité de l’analyse des données. Outre le stage obligatoire de deux mois minimum en laboratoire ou en entreprise, la formation pratique est aussi assurée par des travaux pratiques au sein de la plupart des UE.

 

Documents à télécharger

Informations diverses

D'autres atouts de la formation

  • un suivi personnalisé des étudiants : un référent par étudiant, oraux de pré-stages, bilans individuels.
  • une pratique régulière de l’anglais scientifique, essentielle aussi bien dans le monde de la recherche que dans les emplois de cadres :  UE d’Anglais en début d’année, nombreux rapports et soutenances et certains enseignements dispensés en anglais. En cas de présence d’étudiants non francophones, l’ensemble des supports seront en anglais. Possibilité de réaliser le stage à l’étranger.
  • une ouverture vers le monde de l’entreprise : UE de “Formation à l’entreprise innovante”,  visites de sites et interventions de professionnels, possibilité de réaliser le stage en entreprise.
  • une formation de M1 débouchant sur le M2 “Sciences du Végétal”, unique en Ile de France, avec un itinéraire RECHERCHE et un itinéraire PRO:  un très large réseau de laboratoires et d’entreprises, des équipements de pointe pour les enseignements, des enseignants et intervenants spécialistes, des possibilités de bourses d’études (se renseigner auprès de la responsable du parcours, C. Lelandais cf rubrique contacts).
Responsables et contacts

Universités Paris Diderot/Paris Descartes

Responsable pédagogique du parcours Sciences du Végétal (M1 et M2) :

Christine LELANDAIS-BRIERE  rf.to1574290646redid1574290646-sira1574290646p-vin1574290646u@sia1574290646dnale1574290646l.eni1574290646tsirh1574290646c1574290646

Responsable administrative/scolarité  : 

Anicette ANON  anicrf.to1574290646redid1574290646-sira1574290646p-vin1574290646u@non1574290646a.ett1574290646e1574290646

UFR Sciences du vivant, Bâtiment Lamarck, 35 rue Hélène Brion, bureau RH42, RdC Haut; 75205 Paris cedex 13 ;

tel : +33 (1) 57 27 82 35

 

Responsable Formation continue :

Françoise Peuvion-Chalaux rf.to1574290646redid1574290646-sira1574290646p-vin1574290646u@vds1574290646cf1574290646

UFR Sciences du vivant, Bâtiment Lamarck, 35 rue Hélène Brion, bureau RH54, RdC Haut; 75205 Paris cedex 13 ;

tel : +33 (1) 57 27 82 34

 

Etablissement partenaire : Université Paris Saclay

Responsables pédagogiques :

Jean-Denis Faure et Karine Alix (AgroParisTech), Marie Garmier (U. Paris Sud), Bénédicte Sturbois (U. Evry Val d’Essonne)

Candidater au M1 BIP- parcours SV (avant le 1er Juillet 2019)

 

Qui ?  Diplômés détenteurs  d’une licence en Biologie/Sciences du vivant ou diplôme équivalent ou expérience assimilée (validation des acquis), étudiants en école d’agronomie ou équivalent

Pré-requis : Bon niveau de licence en Physiologie végétale, biologie moléculaire, génétique, génomique et biologie cellulaire. Bonnes bases de statistiques et d’ anglais (niveau B2)

Quand ?        du 15 Mars au 1er Juillet 2019

Comment ? 

en ligne via l’application e-candidat (https://etudes-formations.univ-paris-diderot.fr/lapplication-ecandidat) sur le site de l’université Paris Diderot (UFR Sciences du vivant) – master BIP-  M1 BIP- parcours SV

Composition du dossier de candidature :

* principaux documents obligatoires :

–  lettre de motivation (spécifiant bien le projet professionnel et l’itinéraire souhaité),
–  curriculum vitae
– diplômes
– dossier académique :  TOUS les relevés de notes des formations suivies post-bac                                                                                                      

Documents facultatif mais vivement requis :

– formulaire de candidature complété

– une ou deux lettres de recommandation (maximum)

Procédure du recrutement :

Suite à l’examen des dossiers, les candidats seront soit admis directement (sans entretien), soit convoqués à un entretien de sélection (fin juin), soit refusés.

Notes importantes :

SI vous résidez dans un pays relevant de la procédure “Etudes en France” vous devez faire une demande spécifique d’inscription via la plateforme dédiée sur le site de Campus France : campusfrance-procedure-cef

Les enseignements de M1 étant dispensés essentiellement en langue française, les candidats non-francophones doivent pouvoir justifier d’un niveau de français au moins équivalent au niveau B2 défini par le Cadre Européen Commun de Référence pour les langues (CECR).

Informations pratiques

Pré-rentrée du M1 BIP : lundi 2 ou mardi 3 Septembre (à confirmer)

Semaine du 2 Sept 2019 : tests d’anglais et de statistique, remise à niveau (BM, génétique, génomique, présence obligatoire)

Début des enseignements du tronc commun: Lundi 9 sept 2019

 

Semestre 1

cours : du 9 sept 2019  à mi-janvier 2020 (tronc commun: 8 semaines puis parcours SV)

examens de session 1 du TC: 2ème et 3eme semaines de Novembre

 

Semestre 2

cours : de mi-janvier à mi-avril 2020

examens de session 1 : généralement à la fin des UE

stage : de mi-Avril à mi-Juin, rapport écrit et soutenance orale en anglais

session 2 des semestres 1 et 2 : 2 dernières semaines de juin, 1ere semaine de juillet 2020

session 2 de stage : fin Aout 2020

 

Lieux des enseignements :

tronc commun à Paris Diderot ou Paris Descartes (St Pères)

parcours SV : périodes de 2 semaines sur Paris Diderot ou Paris Saclay

Les enseignements du parcours M1 – SV

Les UE du tronc commun 

semestre 1

S1- Biologie Intégrative

Thèmes : Les réponses aux stress chez les organismes complexes seront abordés dans cette UE :en mettant l’accent sur les aspects cellulaires et moléculaires et leur intégration au niveau de l’organisme animal ou végétal (stress thermiques, stress génotoxiques, stress nutritionnels).

Objectifs : décrire, comprendre la relation génotype / fonction

Compétences visées : communiquer des données scientifiques sous forme d’un poster

Evaluation (3 ECTS) : Poster + Examen

S1- Méthodes d'Analyse en Biologie

1- Bioinformatique : outils pour biologistes (3 ECTS)

2- Biostatistiques (2 ECTS) :

3- Biologie moléculaire (1ECTS)

 

1- Bioinformatique : outils pour biologistes (9h CM et 18h TP)

  • Shell
  • Analyse et comparaison de séquences biologiques
  • Graphisme moléculaire
  • Modélisation par homologie
  • Réseaux d’interaction
  • Initiation à la programmation R pour l’analyse de données
  • Voies métaboliques

Compétences visées : Choisir et maîtriser les outils adaptés à l’analyse des données expérimentales complexes (bio-analyses)

2- Biostatistiques (2 ECTS) :

Cours  (12h) portant sur les différentes méthodes d’analyses statistiques de données, l’assimilation du vocabulaire utilisé et  le choix de procédures statistiques selon la problématique d’étude.

La mise en pratique de ces cours se fera  sous forme de travaux pratiques (12h) en salle informatique à l’aide d’un logiciel statistique de traitement des données.

3- Biologie moléculaire (1 ECTS)  :

Enseignement en classe inversé. 3 séries de cours seront à consulter en ligne qui seront repris et mis en pratique au cours de 3 séances de TD

S1- Anglais

Développement des quatre compétences : expression orale, expression écrite, compréhension orale et écrite, dans le contexte scientifique et à travers l’étude de documents authentiques.

Compétences visées : Rédiger et présenter des concepts scientifiques à un public non spécialiste., Acquisition du niveau CECR B2

Evaluation (3 ECTS) : Contrôle continu intégral

 

 

 

semestre 2

S2 - Physiologie des Systèmes

Cette UE est destinée à présenter aux étudiants les concepts de la physiologie des systèmes, Cette discipline permet d’appréhender et de modéliser  des processus physiologiques en prenant en compte leur complexité, leur régulation par l’environnement et la communication entre organes. L’importance du microbiote ou encore des rythmes biologiques sur différents processus physiologiques sera notamment illustrée chez les animaux et les végétaux.

Compétences visées:  Intégrer et synthétiser des données scientifiques, argumenter pour défendre une hypothèse.

Evaluation (3 ECTS) : (examen et atelier thématique

S2- Stage (2 mois minimum)
  • 1 stage obligatoire de 2 mois
  • pouvant être prolongé durant la période estivale

Les stages peuvent être réalisés en laboratoire ou en entreprise, en France ou à l’étranger

Les UE spécifiques du parcours ‘Sciences du Végétal’

semestre 1

S1- Expression et organisation des génomes

Thèmes : Organisation et dynamique des génomes procaryotes et eucaryotes. Principaux mécanismes impliqués dans l’évolution structurale des génomes. Relations entre structure des génomes et expression des gènes

Compétences visées : Savoir choisir l’approche de génomique appropriée pour une question biologique;  décrire et analyser des résultats expérimentaux

Evaluation: 3 ECTS (examen)

S1- Biodiversité et génétique

Thèmes:

La notion de biodiversité sera  introduite d’un point de vue conceptuel (historique, éthique) puis, d’un point de vue appliqué en distinguant ses composantes (naturelles, cultivées, in situ, ex situ…). Les étudiants apprendront à utiliser les outils, notamment génétiques, nécessaires à sa quantification, les domaines et les échelles auxquels cette notion s’applique et dans quelle mesure l’homme peut l’impacter. Ces concepts seront abordés dans un contexte dynamique et reposeront en majorité sur des notions de biologie évolutive ( cours magistraux et TD) .

Compétences visées: Intégrer les connaissances et les méthodologies, en particulier génétiques, permettant d’appréhender la notion de biodiversité.

Evaluation : 3 ECTS (examen)

S1- Atelier de Biologie intégrative Végétale

Thèmes: L’étude des végétaux et la compréhension de leur fonctionnement requiert la mise en oeuvre d’approches multi-échelles et l’intégration de données de plus en plus complexes. Au cours de cette UE, les étudiants devront sous forme d’ateliers: 1) analyser un jeu de données expérimentales de transcriptomique, protéomique et métabolomique en lien avec la dormance et la germination des graines, 2) concevoir une expérience permettant de confirmer les résultats des analyses précédentes, 3) dégager une  problématique nouvelle et proposer un mini-projet de recherche en lien avec ces résultats.

Compétences visées : Présenter et analyser des données expérimentales complexes (haut débit) à l’aide d’outils statistiques appropriés. Concevoir un plan d’expérience avec devis et échéancier. Proposer un projet de recherche innovant répondant  à une question biologique.

Evaluation (4 ECTS, rapport écrit et présentation orale)

 

S1- UE1 (à choix) : Travaux pratiques de Physiologie végétale OU Formation à l'entreprise innovante

Travaux pratiques de recherche en Physiologie végétale    (2 semaines)

Travaux pratiques : immersion des étudiants dans un thème de recherche et  familiarisation avec un ensemble de techniques de base des domaines de la physiologie moléculaire et cellulaire végétale et de la phytopathologie.

Compétences visées : Suivre rigoureusement un protocole expérimental ; réaliser en équipe une démarche expérimentale en répartissant les tâches et les responsabilités ; recueillir, analyser et présenter à l’écrit des données  expérimentales

Evaluation: 4 ECTS, Compte-rendu oral et écrit

 

Formation à l’entreprise Innovante (2 semaines)

Thèmes : Fonctionnement des entreprises, de la start up à la multinationale. Les secteurs de l’entreprise (R & D, RH, marketing, commercial). Bases du fonctionnement de la macroéconomie; innovation incrémentale et innovation de rupture, facteurs objectifs et subjectifs liés à  la création d’entreprise. (cours et interventions de professionnels)

Compétences visées :  Intégrer les connaissances théoriques et  les outils pratiques dans les principaux domaines liés au management de l’entreprise. Etre conscient de la complexité de l’environnement socio-économique de l’entreprise.

Evaluation : 4 ECTS, Examen

 

 

 

 

S1- UE2 (à choix) : Biotechnologies / Plantes-Insectes OU Physiologie intégrative végétale

Physiologie intégrative végétale (2 semaines)

Thèmes (Cours et TD, 30h) : Mécanismes permettant aux plantes de gérer les contraintes environnementales et en particulier la forte lumière, les métaux lourds, les herbicides. Mécanismes de détoxication. Grandes voies du métabolisme secondaire. 

TP (20h) : Initiation aux principes de la génomique fonctionnelle à partir de mutants d’Arabidopsis affectés dans leurs réponses au stress oxydatif.

Compétences visées : Analyser et intégrer les différents niveaux d’informations d’un organisme pour appréhender son fonctionnement en interaction avec l’environnement et en réponse à des stress. Analyser et présenter à l’oral des résultats d’une étude scientifique. Comprendre les approches de génomique fonctionnelle. Maitriser des techniques de base de biologie moléculaire et biochimie.

Evaluation (4 ECTS) : Contrôe continu (analyse d’article) examen

Biotechnologies (1 semaine)

Thèmes (cours et TD, 24h): Technologies d’ingénierie végétale et  applications en agriculture et en bio-médecine. Techniques d’amélioration des plantes.

Compétences visées : Concevoir des stratégies innovantes d’exploitation des ressources biologiques. Connaître les stratégies et les règles d’utilisation des outils biologiques : confinement, biosécurité.

Evaluation (2 ECTS) : Examen

Plantes et Insectes : sources d’innovation pour une alimentation alternative (1 semaine)

Thèmes (cours et TD, 20h) : Panorama des déterminants génétiques, physiologiques, environnementaux afférents à la qualité des sources de protéines végétales ou d’insectes au travers de leurs modes de production. Impacts sur la santé et sur les opportunités de développements.

Compétences visées : Etre conscient des enjeux sociétaux et environnementaux  liés à l’alimentation humaine et animale

Evaluation (2 ECTS) : Examen

 

 

semestre 2

S2- Projet de recherche

8 séances de TD tuteurés : Recherche, analyse et synthèse écrite et orale des informations disponibles dans les bases de données publiques concernant une accession (gène,  protéine, métabolite). A partir de ces données, dégager une problématique de recherche innovant et proposer un mini-projet.

Compétences visées : Recueillir, analyser de façon autonome, présenter de façon synthétique des informations issues de banques de données (ressources bibliographiques et biologiques). Concevoir, formaliser et présenter à l’écrit et à l’oral un mini-projet de recherche  répondant à une problématique scientifique

 Evaluation (3 ECTS) : présentation orale, rapport écrit  (en anglais)

 

S2- Génétique appliquée à la sélection variétale

Thèmes (cours, 24h) :   Plans de croisements et cartographie génétique. Mécanismes d’évolution des génomes. Introduction à la génétique quantitative et modalités d’étude des caractères complexes. Génétique des populations (déséquilibre de liaison, dérive génétique et évolution des populations). Stérilité mâle cytoplasmique et déterminisme du sexe chez les végétaux.

TD (9h) et TP (9h) :  variabilité génétique, recherche de QTL, analyse de polymorphisme, marquage moléculaire

Compétences visées : Maitriser les bases de génétique quantitative et de génétique des populations afin de les exploiter dans un contexte d’amélioration des plantes. Recueillir et analyser des données quantitatives, mettre en oeuvre une démarche de recherche de QTL ou de marquage moléculaire.

Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu (TP), examen

S2- Génomique et bioinformatique des espèces cultivées

Thèmes (cours 29h, TD 21h) : Spécificités des génomes végétaux (duplications, éléments transposables, multi-génomes…), Approches de génomique structurale et fonctionnelle chez les plantes, Ressources génétiques et génomiques disponibles. Outils bioinformatiques de génomique comparative,  recherche de motifs protéiques, étude de relation structure-fonction,  étude et annotation du génome des plantes cultivées.

Compétences visées : Maitriser et intégrer les connaissances fondamentales et les méthodologies de la génomique végétale; Comprendre les principes des analyses bioinformatiques et biostatistiques de données de séquençage au débit.

 Evaluation (4 ECTS) :  contrôle continu , examen

 

 

S2- UE3 (à choix) : Développement des plantes OU Biologie des semences

Développement des plantes “How plants are built”    (2 semaines)

Cours (30h) : concepts clés de la Biologie du Développement végétal à l’échelle moléculaire, cellulaire et de l’organisme entier (grandes étapes de la vie de la plante et de sa morphogenèse, réponses aux changements environnementaux, diversités et variations naturelles, aspects d’EVO-DEVO).

TD/TP participatifs (en petit groupe, 20h) : analyses et interprétations de données et présentations sous forme d’exposés oraux.

Cette UE sera vraisemblablement dispensée en anglais (à confirmer)

Compétences visées : Mobiliser et intégrer ses connaissances  pour appréhender le développement des végétaux et ses spécificités. Suivre rigoureusement un protocole – Analyser et rendre compte de résultats expérimentaux ou de ceux  d’un article scientifique

Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu, examen

 

Les semences : de la biologie à la filière (2 semaines)

Thèmes : Biologie des semences (développement des graines et des fruits, germination) ; Production, conservation, protection et qualité des semences ; Filière semences et ses enjeux économiques, sociaux et environnementaux

Compétences visées

Concevoir un projet de recherche et développement innovant dans le domaine des semences  en adéquation avec les spécificités de la filière et du marché. Rechercher et analyser des données scientifiques autour d’un thème.

Evaluation (4 ECTS) :  contrôle continu, examen

 

 

 

 

S2- UE4 (à choix) : ARN interférence et Ingénierie des génomes OU Physiologie de la nutrition et agronomie

ARN interférence et Ingénierie des génomes                          (2 semaines)

Thèmes   (cours/ séminaires  : 18h, TD : 6h, TP: 30h):

Mécanismes médiés par les petits ARN non codants; Mécanismes de réparation/recombinaison de l’ADN;  Utilisations en recherche fondamentale et appliquée;  Bases de biologie de synthèse et méthodes de clonage “haut débit”;  Méthodes de bio-ingénierie et d’édition des génomes.

TP (30h) :  Etude moléculaire des différents types et de la systémie du silencing chez les plantes ; Localisation subcellulaire de protéines impliquées

Compétences visées : Maitriser les concepts biologiques à l’origine des biotechnologies présentées. Avoir conscience des champs d’application et des implications bioéthiques des différentes technologies présentées. Suivre rigoureusement un protocole expérimental; Recueillir, analyser et présenter à l’écrit des résultats  expérimentaux,; maitriser des techniques de biologie moléculaire et cellulaire classiques et spécifiques des petits ARN non codants.

Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu (TD, TP), examen

 

Physiologie de la nutrition végétale et agronomie                (2 semaines)

Thèmes (cours : 20h,  TD : 6h, TP: 24h) 

Nutrition minérale; Photosynthèse et bilan de carbone  ; Cycle de l’azote, du carbone et de l’eau à l’échelle de la parcelle, Etude des sols ; Relations entre la fertilisation et le rendement;  Modélisation de la croissance et du rendement à la parcelle

TP  (24h) : Phénotypage et analyses moléculaires et biochimiques de lignées mutantes d’Arabidopsis affectées dans l’assimilation de l’azote; Dosage d’activité enzymatique, western blot, Mesure de chlorophylles, flavonoïdes, anthocyanes ;  Analyse de sols

Compétences visées : Maitriser les outils permettant d’analyser le fonctionnement d’une plante entière et d’une parcelle. Avoir conscience des enjeux agronomiques en lien avec la nutrition des plantes et de la gestion des itinéraires culturaux dans un souci de production durable. Suivre rigoureusement  un protocole expérimental. Présenter et analyser des résultats expérimentaux.

Evaluation (4 ECTS) :  contrôle continu, examen