Thèmes : Les réponses aux stress chez les organismes complexes seront abordés dans cette UE :en mettant l’accent sur les aspects cellulaires et moléculaires et leur intégration au niveau de l’organisme animal ou végétal (stress thermiques, stress génotoxiques, stress nutritionnels).

Objectifs : décrire, comprendre la relation génotype / fonction

Compétences visées : communiquer des données scientifiques sous forme d’un poster

Evaluation (3 ECTS) : Poster + Examen

1- Bioinformatique : outils pour biologistes (3 ECTS)

2- Biostatistiques (2 ECTS) :

3- Biologie moléculaire (1 ECTS)

1- Bioinformatique : outils pour biologistes (9h CM et 18h TP)

• Shell
• Analyse et comparaison de séquences biologiques
• Graphisme moléculaire
• Modélisation par homologie
• Réseaux d’interaction
• Initiation à la programmation R pour l’analyse de données
• Voies métaboliques

Compétences visées : Choisir et maîtriser les outils adaptés à l’analyse des données expérimentales complexes (bio-analyses)

2- Biostatistiques (2 ECTS) :

Cours  (12h) portant sur les différentes méthodes d’analyses statistiques de données, l’assimilation du vocabulaire utilisé et  le choix de procédures statistiques selon la problématique d’étude.

La mise en pratique de ces cours se fera  sous forme de travaux pratiques (12h) en salle informatique à l’aide d’un logiciel statistique de traitement des données.

3- Biologie moléculaire (1 ECTS)  :

Enseignement en classe inversé. 3 séries de cours seront à consulter en ligne qui seront repris et mis en pratique au cours de 3 séances de TD

Développement des quatre compétences : expression orale, expression écrite, compréhension orale et écrite, dans le contexte scientifique et à travers l’étude de documents authentiques.

Compétences visées : Rédiger et présenter des concepts scientifiques à un public non spécialiste., Acquisition du niveau CECR B2

Evaluation (3 ECTS) : Contrôle continu intégral

Cette UE est destinée à présenter aux étudiants les concepts de la physiologie des systèmes, Cette discipline permet d’appréhender et de modéliser  des processus physiologiques en prenant en compte leur complexité, leur régulation par l’environnement et la communication entre organes. L’importance du microbiote ou encore des rythmes biologiques sur différents processus physiologiques sera notamment illustrée chez les animaux et les végétaux.

Compétences visées:  Intégrer et synthétiser des données scientifiques, argumenter pour défendre une hypothèse.

Evaluation (3 ECTS) : (rédaction d’un mini-projet et atelier thématique)

Thèmes:

La notion de biodiversité sera  introduite d’un point de vue conceptuel (historique, éthique) puis, d’un point de vue appliqué en distinguant ses composantes (naturelles, cultivées, in situ, ex situ…). Les étudiants apprendront à utiliser les outils, notamment génétiques, nécessaires à sa quantification, les domaines et les échelles auxquels cette notion s’applique et dans quelle mesure l’homme peut l’impacter. Ces concepts seront abordés dans un contexte dynamique et reposeront en majorité sur des notions de biologie évolutive ( cours magistraux et TD) .

Compétences visées: Intégrer les connaissances et les méthodologies, en particulier génétiques, permettant d’appréhender la notion de biodiversité.

Evaluation : 3 ECTS (examen)

Thèmes: L’étude des végétaux et la compréhension de leur fonctionnement requiert la mise en oeuvre d’approches multi-échelles et l’intégration de données de plus en plus complexes. Au cours de cette UE, les étudiants devront sous forme d’ateliers: 1) analyser un jeu de données expérimentales de transcriptomique, protéomique et métabolomique en lien avec la dormance et la germination des graines, 2) concevoir une expérience permettant de confirmer les résultats des analyses précédentes, 3) dégager une  problématique nouvelle et proposer un mini-projet de recherche en lien avec ces résultats.

Compétences visées : Présenter et analyser des données expérimentales complexes (haut débit) à l’aide d’outils statistiques appropriés. Concevoir un plan d’expérience avec devis et échéancier. Proposer un projet de recherche innovant répondant  à une question biologique.

Evaluation (4 ECTS, rapport écrit et présentation orale)

8 séances de TD tuteurés : Recherche, analyse et synthèse écrite et orale des informations disponibles dans les bases de données publiques concernant une accession (gène,  protéine, métabolite). A partir de ces données, dégager une problématique de recherche innovant et proposer un mini-projet.

Compétences visées : Recueillir, analyser de façon autonome, présenter de façon synthétique des informations issues de banques de données (ressources bibliographiques et biologiques). Concevoir, formaliser et présenter à l’écrit et à l’oral un mini-projet de recherche  répondant à une problématique scientifique

 Evaluation (3 ECTS) : présentation orale, rapport écrit  (en anglais)

Thèmes (cours, 24h) :   Plans de croisements et cartographie génétique. Mécanismes d’évolution des génomes. Introduction à la génétique quantitative et modalités d’étude des caractères complexes. Génétique des populations (déséquilibre de liaison, dérive génétique et évolution des populations). Stérilité mâle cytoplasmique et déterminisme du sexe chez les végétaux.

TD (9h) et TP (9h) :  variabilité génétique, recherche de QTL, analyse de polymorphisme, marquage moléculaire

Compétences visées : Maitriser les bases de génétique quantitative et de génétique des populations afin de les exploiter dans un contexte d’amélioration des plantes. Recueillir et analyser des données quantitatives, mettre en oeuvre une démarche de recherche de QTL ou de marquage moléculaire.

Evaluation (4 ECTS) : contrôle continu (TP), examen

Thèmes (cours 29h, TD 21h) : Spécificités des génomes végétaux (duplications, éléments transposables, multi-génomes…), Approches de génomique structurale et fonctionnelle chez les plantes, Ressources génétiques et génomiques disponibles. Outils bioinformatiques de génomique comparative,  recherche de motifs protéiques, étude de relation structure-fonction,  étude et annotation du génome des plantes cultivées.

Compétences visées : Maitriser et intégrer les connaissances fondamentales et les méthodologies de la génomique végétale; Comprendre les principes des analyses bioinformatiques et biostatistiques de données de séquençage au débit.

 Evaluation (4 ECTS) :  contrôle continu , examen